Francesco Forgione nacque il 25 maggio 1887 a Pietrelcina, un piccolo comune alle porte di Benevento. Fu battezzato il giorno successivo nella chiesa di Sant'Anna. Gli venne dato il nome Francesco per desiderio della madre, devota a san Francesco d'Assisi. Il 27 settembre 1899 ricevette la comunione e la cresima dall'allora arcivescovo di Benevento Donato Maria dell'Olio.
La madre era una donna molto cattolica e le sue convinzioni ebbero una grande influenza sulla formazione religiosa del futuro frate. Secondo le testimonianze del tempo, il giovane Francesco Forgione cresceva tranquillo e sereno e mostrava indole obbediente. Il giovane non frequentò le scuole in maniera regolare perché doveva rendersi utile in famiglia lavorando la terra.
Solo quando ebbe dodici anni cominciò a studiare con metodo, sotto la guida del sacerdote Domenico Tizzani che, in un biennio, gli fece svolgere tutto il programma delle elementari. Subito dopo Francesco passò alla scuola per gli studi ginnasiali. Il desiderio di diventare sacerdote si manifestò molto presto e fu sollecitato dalla conoscenza di un frate del convento di Morcone, fra' Camillo da Sant'Elia a Pianisi, che periodicamente passava per Pietrelcina a raccogliere offerte. Le pratiche per l'entrata in convento furono iniziate nella primavera del 1902, quando Francesco aveva 14 anni, ma la sua prima domanda ebbe esito negativo. Solo nell'autunno del 1902 arrivò l'assenso. Francesco disse di aver avuto una visione, il 1º gennaio 1903 dopo la comunione, che gli preannunciava una continua lotta con Satana.
La notte del 5 gennaio, l'ultima che passava con la sua famiglia, disse di aver avuto un'altra visione in cui Dio e Maria lo incoraggiavano assicurandogli la loro predilezione. Il 22 gennaio dello stesso anno, a 15 anni, Francesco vestì i panni di probazione del novizio cappuccino e diventò fra' Pio. Concluso l'anno del noviziato, fra Pio emise la professione dei voti semplici (povertà, castità ed obbedienza) il 22 gennaio del 1904. Intraprese gli studi ginnasiali pochi giorni dopo, a Sant'Elia a Pianisi. Il 27 gennaio 1907 professò i voti solenni. Nel novembre del 1908, una volta completati gli studi si si recò a Montefusco, dove studiò teologia. Il 18 luglio del 1909 ricevette l'ordine del diaconato, nel noviziato di Morcone. Il 10 agosto, nonostante fosse ancora ventitreenne fu ordinato sacerdote, contrariamente al diritto canonico che ai tempi imponeva un'età minima di 24 anni. Il vescovo decise che date le gravi condizioni di salute disposizioni del diritto canonico che all'epoca prevedevano un'età minima per l'ordinazione di 24 anni, in ragione della grave salute di Forgione il vescovo stabilì un'eccezione e ordinò il giovane. In tale periodo gli agiografi iniziano a parlare della comparsa sulle sue mani delle stimmate. Fra' Pio diede comunicazione per la prima volta l'8 settembre 1911, in una lettera indirizzata al padre spirituale di San Marco in Lamis: qui il frate racconta che il fenomeno andrebbe ripetendosi da quasi un anno, e che avrebbe taciuto perché vinto «sempre da quella maledetta vergogna». Il 7 dicembre 1911 fece ritorno a Pietrelcina per ragioni di salute, restandovi, salvo qualche breve interruzione, sino al 17 febbraio 1916. Il 10 ottobre dello stesso anno fra' Pio rispose alle domande perentorie, rivoltegli da padre Agostino da San Marco in Lamis, affermando di aver ricevuto le stimmate, «visibili, specie in una mano», e che, pregando il Signore, il fenomeno scomparve, ma non il dolore che rimase «acutissimo»; disse inoltre di subìre quasi ogni settimana, da alcuni anni, la coronazione di spine e la flagellazione. Prestò il servizio militare a Benevento il 6 novembre 1915. Un mese dopo venne assegnato alla decima compagnia sanità di Napoli. Svolse il servizio con molte licenze per motivi di salute sino a essere definitivamente riformato tre anni più tardi, a causa di una «broncoalveolite doppia», il 16 marzo 1918, dall'ospedale principale di Napoli. Il 17 febbraio 1916 fra' Pio giunse a Foggia, restandovi sette mesi circa e dimorando nel convento di Sant'Anna. La sera del 28 luglio, accompagnato da padre Paolino da Casacalenda, fra' Pio arrivò per la prima volta a San Giovanni Rotondo. Pur sentendosi meglio in tale luogo, dopo una settimana circa scese di nuovo a respirare l'aria afosa di Foggia, poiché il permesso chiesto al padre provinciale, anche se non necessario, tardava a venire.In ragione di ciò il 13 agosto Pio scrisse al provinciale, chiedendo di poter «passare un po' di tempo a San Giovanni Rotondo» anche perché, a suo dire, Gesù gli assicurava che là sarebbe stato meglio. Fra' Pio venne infine lasciato in tale convento, con l'ufficio di direttore spirituale del seminario serafico.

La comparsa delle stigmate (1918-1920)
Padre Pio ha detto di aver ricevuto le Stimmate il 20 settembre 1918 davanti a questo crocifisso.Nell'agosto del 1918 fra Pio affermò di avere le prime visioni di un personaggio che lo trafiggeva con una lancia, lasciandogli una ferita costantemente aperta (transverberazione). Poco tempo dopo, in seguito ad una ulteriore visione, fra Pio affermò di aver ricevuto delle stigmate. Tali lesioni vennero variamente interpretate: come segno di una particolare santità, o come una patologia della cute (per es. piaghe da psoriasi), o come auto-inflitte. L'inizio del manifestarsi delle stigmate risale al 1910, quando per la sua malattia il religioso aveva avuto il permesso di lasciare il convento e di vivere nella sua casa natale a Pietrelcina. Non distante dal paese, tutti i giorni dopo aver celebrato la messa, si recava in una località detta Piana Romana, dove il fratello Michele aveva costruito per lui una capanna e dove aveva la possibilità di pregare e meditare all'aria aperta, che giovava molto ai suoi polmoni malati. Il fenomeno delle stigmate, come poi rivelò al suo confessore cominciò a manifestarsi proprio in quel luogo, nel pomeriggio del 7 settembre 1910, e si manifestò con maggior intensità un anno dopo nel settembre 1911, allora il frate scrisse al suo direttore spirituale: « In mezzo al palmo delle mani è apparso un po' di rosso, grande quanto la forma di un centesimo, accompagnato da un forte ed acuto dolore. Questo dolore è più sensibile alla mano sinistra. Anche sotto i piedi avverto un po' di dolore. » Nello stesso periodo cominciarono a circolare voci secondo le quali la sua persona aveva cominciato ad emanare un inspiegabile profumo di gelsomino. La notizia della comparsa delle stigmate fece il giro del mondo e repentinamente San Giovanni Rotondo fu meta di pellegrinaggio da parte di persone che speravano di ottenere grazie[senza fonte]. Il merito di alcune conversioni e guarigioni inaspettate fu attribuito dai pellegrini all'intercessione del frate presso Dio. La popolarità di padre Pio e di San Giovanni Rotondo crebbe ancora grazie al passa-parola e la località dovette cominciare ad attrezzarsi per l'accoglienza di un numero di visitatori sempre maggiore. La situazione divenne imbarazzante per alcuni ambienti della Chiesa cattolica: il Vaticano infatti non aveva notizie precise su cosa stesse realmente accadendo; le scarne informazioni ricevute ben si prestavano ad alimentare il timore di una macchinazione, di fatto sommovente interessi economici, eventualmente perpetrata sfruttando il nome della Chiesa e la tonaca. Un primo inconcludente rapporto fu stilato dal Padre Generale dei cappuccini, il quale a sua volta aveva inviato Giorgio Festa. Questi propese per la soprannaturalità del fenomeno, ma proprio il suo entusiasmo fece dubitare della sua credibilità. Si commissionarono perciò ulteriori indagini, molte delle quali condotte in incognito.

Le indagini (1919-1923)
Il primo medico a studiare le stigmate di Padre Pio fu il professore Luigi Romanelli, primario dell'ospedale civile di Barletta, per ordine del padre superiore Provinciale, nei giorni 15 e 16 maggio 1919. Nella sua relazione fra le altre cose scrisse: «Le lesioni che presenta alle mani sono ricoperte da una membrana di colore rosso bruno, senza alcun punto sanguinante, niente edema e niente reazione infiammatoria nei tessuti circostanti. Ho la certezza che quelle ferite non sono superficiali perché, applicando il pollice nel palmo della mano e l'indice sul dorso e facendo pressione, si ha la percezione esatta del vuoto esistente». Due mesi dopo, il 26 luglio, arrivò a San Giovanni Rotondo il professore Amico Bignami, ordinario di patologia medica all'Università di Roma. Le sue considerazioni mediche non si discostarono da quelle del prof. Romanelli, in più però affermò che secondo lui quelle stigmate erano cominciate come prodotti patologici (necrosi neurotonica multipla della cute) ed erano state completate, forse inconsciamente per un fenomeno di suggestione, o con un mezzo chimico, per esempio la tintura di iodio. Nel 1920 padre Agostino Gemelli, medico, psicologo e consulente del Sant'Uffizio, fu incaricato dal cardinale Merry Del Val di visitare padre Pio ed eseguire "un esame clinico delle ferite". Il Segretario del Sant'Uffizio, chiamato in causa per via dei sospetti su presunte attività scandalose del cappuccino, scelse il Gemelli, è dato supporre, sia per le sue conoscenze scientifiche di altissimo livello, sia per i suoi studi specialistici sui "fenomeni mistici", che aveva condotti sin dal 1913. "Perciò - pur essendosi recato nel Gargano di propria iniziativa, senza che alcuna autorità ecclesiastica glielo avesse chiesto - Gemelli non esitò a fare della sua lettera privata al Sant'Uffizio una sorta di perizia ufficiosa su padre Pio" Il Gemelli volle invece esprimersi compiutamente in merito e volle incontrare il frate, nonostante una malcelata ritrosia di questi. Padre Pio, infatti, mostrò nei confronti del nuovo investigatore un atteggiamento di netta chiusura, non alleviando le polemiche, nonostante l'approccio iniziale del messo vaticano fosse stato di buona apertura sul piano personale. Il frate rifiutò la visita adducendo che mancava l’autorizzazione scritta del Sant'Uffizio. Furono vane le proteste di padre Gemelli che, incaricato dal Sant'Uffizio e inviato di persona dal cardinal Merry Del Val riteneva di avere il diritto di effettuare un esame medico delle stigmate. Mario Guarino interpreta questo rifiuto come un'implicita ammissione di colpa da parte di padre Pio. Il frate, sostenuto dai suoi superiori, condizionò l'esame ad un permesso da richiedersi per via gerarchica, disconoscendo le credenziali di padre Agostino Gemelli, che comunque era in missione ufficiale. Questi abbandonò dunque il convento, irritato e offeso. Padre Gemelli espresse quindi la diagnosi: « È un bluff... Padre Pio ha tutte le caratteristiche somatiche dell'isterico e dello psicopatico... Quindi, le ferite che ha sul corpo... Fasulle... Frutto di un'azione patologica morbosa... Un ammalato si procura le lesioni da sé... Si tratta di piaghe, con carattere distruttivo dei tessuti... tipico della patologia isterica » e più brevemente lo chiamò "psicopatico, autolesionista ed imbroglione"; i suoi giudizi, che come si è visto non potevano contare su un esame clinico rifiutatogli, avrebbero pur tuttavia pesantemente condizionato, per l'autorevolezza della fonte, la vicenda del frate. Come risultato di questa vicenda, il 31 maggio 1923, arrivò un decreto vero e proprio in cui si pronunciava la condanna esplicita. Il Sant'Uffizio dichiarava il non constat de supernaturalitate circa i fatti legati alla vita di padre Pio ed esortava i fedeli a non credere e a non andare a San Giovanni Rotondo. La formula specifica utilizzata, nel linguaggio ecclesiastico, equivale ad asserire che al momento non sono stati evidenziati elementi sufficienti ad affermare la soprannaturalità dei fenomeni, e perciò non esclude che possano esserlo in futuro.Il decreto venne pubblicato dall'Osservatore Romano, organo di stampa del Vaticano, il 5 luglio successivo e subito ripreso dai giornali di tutto il mondo. Il 15 dicembre del 1924 il dottor Giorgio Festa, chiese alle autorità ecclesiastiche l'autorizzazione a sottoporre il Padre ad un nuovo esame clinico per uno studio ulteriore e più aggiornato, ma non l'ottenne. L'inchiesta sul frate si chiuse con l'arrivo del quinto e definitivo decreto di condanna (23 maggio 1931) con l'invito ai fedeli di non considerare come sovrannaturali le manifestazioni psichiatriche certificate dal Gemelli, ma i più fedeli sostenitori di Padre Pio non considerano il divieto di Roma vincolante. A Padre Pio venne vietata la celebrazione della messa in pubblico e l'esercizio della confessione.

La canonizzazione
Le pratiche giuridiche preliminari del processo di beatificazione iniziarono un anno dopo la morte del Padre, nel 1969, ma incontrarono molti ostacoli, da parte di coloro che erano stati nemici dichiarati di Padre Pio. Furono ascoltati decine di testimoni e raccolti 104 volumi di disposizioni e documenti, e nel 1979 tutto il materiale fu inviato a Roma al vaglio degli esperti del Papa. Il procedimento che portò alla canonizzazione ebbe inizio con il nihil obstat del 29 novembre 1982. Il 20 marzo 1983 iniziò il processo diocesano per la sua canonizzazione. Il 21 gennaio 1990 Padre Pio venne proclamato venerabile, fu beatificato il 2 maggio 1999 e proclamato santo il 16 giugno 2002 in piazza San Pietro da papa Giovanni Paolo II come san Pio da Pietrelcina. La sua festa liturgica viene celebrata il 23 settembre. Tra i segni miracolosi che gli vengono attribuiti troviamo le "stigmate" che portò per 50 anni (20 settembre 1918 - 23 settembre 1968), il dono della bilocazione, la profezia e la scrutazione dei cuori e delle coscienze (capacità di leggere nei cuori e nella mente delle persone). Tra i molti miracoli che gli vengono attribuiti c'è quello della guarigione del piccolo Matteo Pio Colella di San Giovanni Rotondo, sul quale è stato celebrato il processo canonico che ha portato poi alla elevazione agli altari di San Pio. Tra i racconti di bilocazione che lo avrebbero visto protagonista c'è quello fornito da Luigi Orione, secondo il quale nel 1925, mentre si trovava in piazza San Pietro per i festeggiamenti in onore di Teresa di Lisieux, gli sarebbe apparso inaspettatamente Padre Pio da Pietrelcina, che in realtà non si mosse mai dal convento che lo ospitava dal 1918 sino alla morte.

Il miracolo per la canonizzazione
In generale, ai fini della canonizzazione, la Chiesa cattolica ritiene necessario un secondo miracolo, dopo quello richiesto per la beatificazione: nel caso di Padre Pio, ha ritenuto miracolosa la guarigione di Matteo Pio Colella, un bambino di sette anni nato a San Giovanni Rotondo.Il 20 gennaio 2000, mentre era a scuola, Matteo si sentì male: fu portato a casa, ma nella serata la situazione precipitò e il padre, urologo dell'ospedale "Casa Sollievo della Sofferenza", lo accompagnò al pronto soccorso dello stesso ospedale, dove fu diagnosticata una meningite fulminante.Ricoverato in rianimazione, il 21 gennaio Matteo ebbe un edema polmonare e non si riusciva più a rilevare la pressione arteriosa; successivamente collassarono nove organi; i medici emisero una diagnosi infausta, non essendo compatibile con la vita la compromissione di più di cinque organi, secondo la casistica riportata nella letteratura medica internazionale. In favore del bambino si sviluppò una catena di preghiere rivolte a Padre Pio, a cominciare dai genitori, devoti del frate. La madre riferì di aver avuto una visione di Padre Pio, e la stessa cosa riferì Matteo una volta uscito dal coma. Contrariamente alle previsioni, il bambino cominciò a migliorare, e il 25 febbraio fu dimesso. Dopo un altro mese di terapie riabilitative poté riprendere la scuola, con un successivo completo recupero psico-fisico. La Consulta medica della Congregazione per le Cause dei Santi, il 22 novembre 2001, dichiarò che "La guarigione, rapida, completa e duratura, senza postumi, era scientificamente inspiegabile". Il decreto sul miracolo fu promulgato il 20 dicembre 2001 alla presenza di Giovanni Paolo II, che procedette alla canonizzazione il 16 giugno 2002.

Riesumazione
Il 6 gennaio 2008 il vescovo Domenico D'Ambrosio annunciò durante la messa nel santuario di Santa Maria delle Grazie che nel mese di aprile 2008 il corpo di Padre Pio sarebbe stato riesumato per una ricognizione canonica con l'esposizione alla pubblica venerazione sino al mese di settembre 2009 in vista del quarantesimo anniversario della sua morte. Nella notte tra il 2 e il 3 marzo 2008 è stata riaperta la bara che contiene il cadavere di San Pio. Secondo le dichiarazioni dei presenti le unghie e il mento sono ben conservati pur essendo trascorsi quarant'anni dalla sua morte.

Esposizione della salma
Dal 24 aprile 2008 al 23 settembre 2009 a San Giovanni Rotondo è stata esposta la salma di Padre Pio, all'interno di una teca di cristallo costruita appositamente. Essa in realtà è stata poco visibile: il volto, conservato solo nella parte inferiore, è talmente decomposto da essere stato ricoperto da una maschera di silicone che ne riproduce le sembianze. La salma poggia su un piano di plexiglass forato e rivestito di tessuto. Al di sotto ci sono due contenitori in pvc pieni di gel di silice per la regolazione dell’umidità. Nella teca è stato immesso azoto per evitare ulteriori decomposizioni. Il 23 settembre 2009, nell'anniversario della morte, si è conclusa l'esposizione della salma con una solenne cerimonia.

Traslazione della salma
Il 19 aprile 2010 la salma di San Pio è stata traslata nella cripta della nuova Basilica[45], decorata con i mosaici del sacerdote gesuita sloveno Marko Ivan Rupnik e con il soffitto ricoperto di foglia oro, ricavato dalla fusione degli ex-voto che i fedeli negli anni hanno donato a San Pio. Tuttavia, l'inaugurazione di una siffatta cripta è stata contrassegnata da forti polemiche, sia da parte del mondo laico che da parte degli stessi cattolici, in quanto un tale sfarzo è decisamente contrario agli ideali dell'Ordine Francescano (al quale Padre Pio apparteneva) improntati all'umiltà e alla povertà

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